Отделение эндокринной хирургии входит в состав кафедры и клиники факультетской хирургии Самарского государственного медицинского университета. Помимо этого отделения, в структуре кафедры и клиники факультетской хирургии находятся такие отделения, как общехирургическое отделение с торакальными койками, отделение сердечно-сосудистой хирургии, центр хирургической ангионеврологии и отделение рентгенхирургических методов диагностики и лечения. В отделениях клиники факультетской хирургии оказывают помощь больным с заболеваниями печени и поджелудочной железы, патологией пищевода и диафрагмы,  кистами лёгкого и их осложнениями, аневризмами различной локализации, поражением артерий нижних конечностей. Так же проводится хирургическое лечение ишемической болезни сердца. Отделение хирургической ангионеврологии является передовым центром в стране по хирургическому лечению пациентов, перенесших ишемический инсульт. В отделении рентгенхирургических методов диагностики и лечения выполняют уникальные операции на сосудах сердца и головного мозга, артериях конечностей, протоках и сосудах печени, сосудах лёгких и пищевода.

   Кафедра факультетской хирургии стояла у истоков эндокринной хирургии. Именно на кафедре в 50-х годах XX века были сделаны первые операции на щитовидной железе и надпочечниках. В настоящее время в отделении эндокринной хирургии сохраняют традиции и принципы, разработанные на кафедре, и внедряют современные высокие технологии в процесс диагностики и лечения больных. Отличительной чертой   всех отделений клиники факультетской хирургии является то, что в каждом отделении  вопрос о тактике лечения, предоперационной подготовке и послеоперационного ведения решается совместно специалистами терапевтического  и хирургического профиля. Так, в отделении хирургической ангионеврологии, "рука об руку” работают невролог и ангиохирург, в отделении сердечно-сосудистой хирургии – кардиолог, сосудистый хирург и рентгенхирург, хирургической эндокринологии – эндокринолог, хирург и ангиохирург, отделение общей хирургии тесно сотрудничает с терапевтическим отделением гастроэнтерологии. Такой симбиоз специальностей позволяет, прежде всего,  подбирать наиболее рациональный путь лечения пациентов, не допускать серьёзных ошибок, особенно при сочетании различной патологии у одного и того же больного.

 Кроме того, что работа в отделениях устроена по принципу консилиума различных специалистов, дополнительной "страховкой” от возможных осложнений и ошибок является то, что каждый больной осматривается лечащим врачом, обсуждается дополнительно заведующим отделением и доцентом кафедры, а окончательное решение принимается на обходе заведующего кафедрой.

 В отделении эндокринной хирургии оказывается специализированная и высокотехнологичная помощь больным с патологией надпочечников, заболеваниями паращитовидных желёз, диффузно-токсическим зобом, осложнениями сахарного диабета, симптоматической гипертензией и многими другими заболеваниями эндокринологического профиля. В структуре отделения работают врачи-хирурги, эндокринологи и терапевты-кардиологи, что позволяет проводить лечение больных с тяжёлой сопутствующей патологией. В отделении проводят комплексное обследование и подбор адекватной терапии больным с трудноуправляемой артериальной гипертензией, весь спектр обследований больных с узловыми образованиями в щитовидной железе для определения тактики лечения, используют все известные методы подготовки к операциям при тиреотоксикозе. Так же проводится комплексное обследование и лечение больных с диабетической ангиопатией (диабетическая стопа), как при развившейся критической ишемии конечности, так и без неё.  Хирурги отделения выполняют весь спектр операций на щитовидной и паращитовидной железах, органах забрюшинного пространства, операции на сосудах нижних конечностей и почек, как эндоваскулярными методами, так и открытым способом.